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硼对作物生理过程有三大作用：一是促进作用，硼能促进碳水化合物的运转，植物体内含硼量适宜，能改善作物各器官的有机物供应，使作物生长正常，提高结实率和坐果率。二是特殊作用，硼对受精过程有特殊作用。它在花粉中的量，以柱头和子房含量最多，能刺激花粉的萌发和花粉管的伸长，使授粉能顺利进行。作物缺硼时，花药和花丝萎缩，花粉不能形成，表现出“花而不实”的病症。三是调节作用，硼在植物体内能调节有机酸的形成和运转。缺硼时，有机酸在根中积累，根尖分生组织的细胞分化和伸长受到抑制，发生木栓化，引起根部坏死。硼还能增强作物的抗旱、抗病能力和促进作物早熟的作用。
另外，在水稻杂交制种中施用硼肥，可使父、母本植株的生殖器官成熟期趋于一致，促进制种产量的大幅度增加；同时还能提高远缘杂交种的结实率。可见硼在育种工作中也同样能起重要作用。
作为油菜、棉花、花生、果树、蔬菜等高需硼经济作物，缺硼会严重地影响作物的正常生长，缺硼已成为妨害作物产量及品质提高的主要限制因子。